القسم مجهز جيدا بالأجهزة والمعدات البحثية الحديثة. ويتم شراء المواد الكيميائية لكل مشروع بحثي قائم. وترعى تمويل المشاريع البحثية الهيئة السعودية للأبحاث العلمية ومدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتكنولوجيا، أو أي هيئة تمويل قانونية معتمدة. وتوجد التجهيزات في المعامل مختلفة لتتناسب مع أنواع الأنشطة المعنية والسلامة. معامل التحليل الآلي تنطوي على الأجهزة التالية: جهاز كروماتوجرافيا السائل، مصيدة الايون MSMS (اجيلنت)، جهاز كروماتوجرافيا الغاز كلاروس 5000 (بيركن إلمر)، جهاز كروماتوجرافيا الطبقة الرقبقة عالية الكفاءة - DAD-FLD (Waters 2695 Alliance System) ، UPLC - UPLC-MS Triple Quad (Agilent), ICP-MS Speciation system (Agilent), FT-IR (GX Perkin Elmer), Atomic Absorption Spectrometer (Perkin Elmer) جنبا إلى جنب مع غيرها من المرافق المفيدة (مطياف الأشعة فوق البنفسجية، معمل التلألأ من جراء التعرض للضوء، التجميد الجاف - الفراغ من المسيح، وجهاز للطرد المركزي المبردة، و مقياس درجة الحموضة، معاير كارل فيشر) المتعلقة بالتشييد الكيميائي، وتحليل وتصميم الدراسات الحاسوبية للأدوية، وإجراء البحوث في مجال تصميم وتركيب عوامل علاجية جديدة. وتقدم هذه المعامل لطلاب الدراسات العليا مع سهولة الوصول إلى هذه المعامل في جميع أنحاء دراساتهم العلمية في برنامج البحوث.